مقدمه: تغییر ساختار پروتئین های بدن می تواند منجر به تولید آنتی بادی ضد پروتئین های خودی شود. احتمالا ایجاد پلی مورفیسم در ژن کدکننده آنزیم پراکسیداز تیروئید (TPO) و تغییر ساختار آن می تواند باعث تولید آنتی بادی ضد این پروتئین (Anti-TPO) شود. اختلال در آنزیمTPO می تواند یکی از دلایل اصلی بیماری کم کاری تیروئید باشد که شیوع و گسترش این بیماری ما را بر آن داشت تا در این مطالعه به بررسی ارتباط پلی مورفیسم A1936/G اگزون 11 از ژن (rs: 10189135) TPO با میزان Anti-TPO بپردازیم.مواد و روش ها: از میان جمعیت بررسی شده در مطالعه قند و لیپید تهران 190 (TLGS) نفر در دو گروه با تیتر Anti-TPO بیشتر و کمتر از 100 واحد بین المللی بر لیتر به عنوان گروه شاهد و بیمار انتخاب شدند. محتوای DNA ژنوم این افراد به روش Salting out استخراج شد. سپس پلی مورفیسم مورد نظر در اگزون 11 به روش ARMS-PCR بررسی شد. داده ها با استفاده از نرم افزار SPSS تجزیه و تحلیل شدند.یافته ها: فرکانس آللی پلی مورفیسم A1936/G اگزون 11 در جمعیت مورد بررسی از تعادل هاردی - واینبرگ تبعیت کرد. یافته های حاصل نشان داد که فراوانی آلل G در پلی مورفیسم A1936/G اگزون 11 از ژن TPO در افرادی که میزان Anti-TPO آنها بالای 100 است، بیشتر می باشد و میزان Anti-TPO در سه گروه ژنوتیپ (AA, AG, GG) تفاوت معنی داری را نشان داد (P<0.05) (GG=238±57IU/L در مقابل AA=74±33IU/L).نتیجه گیری: با توجه به ارتباط سطح Anti-TPO سرم با پلی مورفیسم A1936/G اگزون 11 در جمعیت مورد بررسی، می توان از این پلی مورفیسم به عنوان یکی از عوامل مستعد کننده (عوامل خطرساز) ابتلا به خودایمنی ضد تیروئید استفاده کرد.